A lui toccò guidare il partito negli anni di Tangentopoli. Fu eletto segretario per acclamazione nel 1992 e traghettò il partito verso la trasformazione nel Ppi. In precedenza era stato deputato, senatore, ministro della Difesa, della Giustizia, delle Riforme Istituzionali. Nel 1994 venne eletto sindaco di Brescia, carica che ricoprì fino al 1998. Nel 2000 di candidò per il centrosinistra a presidente della Regione Lombardia, ma venne sconfitto da Roberto Formigoni. Rimase comunque in consiglio regionale fino al 2005 Nel 2004 venne eletto presidente di Alleanza Popolare-Udeur. Negli ultimi anni si era impegnato in alcune campagne referendarie e nel 2009 ha pubblicato un'autobiografia.

In occasione delle elezioni politiche del 2001 dà il suo sostegno alle liste della Margherita ma nel 2002 non condivide lo scioglimento del Partito Pololare Italiano nella lista rutelliana.

Nel 2004 si schiera al fianco di Clemente Mastella e viene nominato presidente di "Alleanza Popolare - UDEUR" sempre con l'obiettivo di mantenere viva una presenza autonoma del cristianesimo sociale e democratico nella politica italiana. Successivamente si dimette dall'incarico, preferendo una posizione più lontana dai riflettori.

Nel 2006 si impegna attivamente nel comitato per il NO al referendum costituzionale del 25-26 giugno, manifestando forti critiche verso la riforma costituzionale approvata dal centrodestra.

“Nel corso di lunghi anni potei seguirlo e apprezzarlo nei molteplici impegni parlamentari e di governo, assolti tutti con altissimo senso delle istituzioni e dell'interesse nazionale, secondo una concezione limpida e nobile della politica. Da segretario della Dc, in momenti drammaticamente difficili per il suo stesso partito come quelli del biennio 1992-93, diede prova della sua capacità di considerare sempre prioritari i valori della legalità e i doveri morali rispetto a qualsiasi calcolo e interesse di parte. Egualmente forte è il ricordo che serbo della sua cultura e della sua sensibilità quali si manifestavano in ogni dibattito pubblico e privata conversazione. La Repubblica perde con Mino Martinazzoli un uomo fra i migliori che abbia avuto al servizio degli ideali democratici e della cosa pubblica”. Lo scrive il presidente della Repubblica Giorgio Napolitano, in un messaggio – riportato dall’ANSA – di cordoglio per la scomparsa di Mino Martinazzoli.